Corresponde a un sistema de Fito depuración de aguas residuales, en el cual el nivel del agua se mantiene bajo la cota del material filtrante (gravas). El sistema consiste en el desarrollo de un cultivo de macrófitas enraizadas sobre un lecho de gravas impermeabilizado. La acción de las macrófitas hace posible una serie de complejas interacciones físicas, químicas y biológicas a través de las cuales el agua residual afluente es depurada progresiva y lentamente. El material estructurante, formado por gravas y arenas, permite el desarrollo de una biopelícula de microorganismos (biofilm), el cual realiza un proceso de biofiltración, degradando los compuestos orgánicos solubles.

Se caracterizan porque la circulación del agua se realiza a través de un medio granular (subterráneo), con una profundidad de agua cercana a los 0,6 a 1,0 m. La vegetación se planta en este medio granular y el agua está en contacto con los rizomas y raíces de las plantas. Los humedales desde flujo subsuperficial pueden ser de dos tipos (a) flujo horizontal y (b) flujo vertical.

En estos sistemas el agua ingresa en forma permanente. Es aplicada en la parte superior de un extremo y es recogida por un tubo de drenaje en la parte opuesta inferior. El agua residual se trata a medida que fluye lateralmente a través de un medio poroso (Flujo pistón). La profundidad del lecho varía entre 0,45 m a 1,0 m y tiene una pendiente entre 0,5% a 1,0%. El agua residual no ingresa directamente al medio granular principal, sino que existe una zona de amortiguación, generalmente formada por grava de mayor tamaño.

El sistema de recogida consiste en un tubo de drenaje cribado, rodeado con grava de igual tamaño. El diámetro de la grava de ingreso y salida oscila entre 50 mm y 100mm.

La zona de plantación está constituida por grava fina de un solo diámetro, entre 3 mm a 32 mm.

Es fundamental que el agua residual que ingresa al sistema de mantenga en un nivel inferior a la superficie (5 a 10 cm), lo cual se logra regulando el nivel el dispositivo de salida en función de este requerimiento.

Los sistemas verticales con flujo subsuperficial son cargados intermitentemente. De esta forma, las condiciones de saturación con agua en la cama matriz son seguidas por períodos de insaturación, estimulando el suministro de oxígeno. Hay muchas posibilidades de variar la distribución de intervalos, la composición de la cama matriz, etc. Y los resultados que se han obtenido son promisorios.

También conocidos como filtros intermitentes, este tipo de humedales reciben las aguas residuales de arriba hacia abajo, a través de un sistema de tuberías de aplicación de agua.

Las aguas infiltran verticalmente a través de un sustrato inerte (arenas y gravas) y se recogen en una red de drenaje situada en el fondo del humedal. La aplicación de agua se efectúa de forma intermitente, para preservar y estimular al máximo las condiciones aeróbicas. La vegetación emergente se planta también en este medio granular.

Adicionalmente, para favorecer las condiciones aerobias del medio poroso, se suele colocar un sistema de aireación con chimeneas, que son tuberías cribadas con salidas al exterior. A diferencia del humedal subsuperficial de flujo horizontal, el sustrato está constituido por varias capas, encontrándose las más finas en la parte superior, aumentado el diámetro de la grava hacia abajo.